استقرار این سیستم در سازمان با توجه اجرای مراحل کنترل مناسب و موثر در طول فرآیندهای پذیرش مواد اولیه، تولید محصول، انبارش و نگهداری و ارسال محصول به سازمان اطمینان می‌دهد که با حداقل هزینه مطمئن‌ترین کنترلها را انجام می‌دهد و می‌توان به مزایای زیر اشاره کرد:

ـ ایجاد اطمینان در مصرف کنندگان محصولات

ـ حرکت به سمت تولید بدون نقص

ـ پیشگیری از مخاطرات شیمیایی، میکروبی و فیزیکی که ممکن است در فرآورده‌های غذایی موجب خسارت رساندن به مشتری و کاهش اعتبار سازمان شود.

ـ سازگاری با سایر سیستمهای مدیریت کیفیت

کلیه سازمانهای تولیدی و خدماتی که در زنجیره تامین مواد غذایی جامعه نقش ایفا می‌کنند مانند مجتمع های کشت و صنعت، تولید کنندگان مواد غذایی، توزیع‌کنندگان مواد غذایی، سردخانه ها و.... می توانند با استفاده از این اصول نسبت به تضمین سلامت محصولات غذایی خود اطمینان لازم را کسب نمایند.